Jörgen Bracker studierte in Marburg, Kiel und Münster Klassische Archäologie, Alte Geschichte und Vor- und Frühgeschichte. Von 1976 bis zum Ende des Jahres 2001 leitete er als Direktor und Professor das Museum für Hamburgische Geschichte. Seit der von ihm 1989 in Hamburg und Rostock präsentierten Ausstellung "Die Hanse - Lebenswirklichkeit und Mythos" galt sein besonderes Augenmerk der durch Seeraub und wirtschaftlichen Niedergang gekennzeichneten Krise der Hansezeit um 1400.
Er ist außerdem Ehrenmitglied der Deutschen Seefahrtsgeschichtlichen Kommission (DSK), Ehrenmitglied des Vereins der Freunde des Museums für Hamburgische Geschichte und Mitglied der Hamburger Autorenvereinigung (HAV).